农业作为弱质产业在中国国民经济中占有特别重要的地位，尤其是粮食安全问题对中国这样一个人口众多的消费大国来说更是具有特殊意义，因此，中国一直坚持农业生产要立足国内资源，农产品供给要以国内生产为主，实现自给自足的方针政策。长期以来，中国通过采用较高的进口关税、复杂的非关税措施和国营贸易公司专营等保护措施，来限制国外农产品进入国内市场，以免中国农业受国外优势农业的冲击。
加入WTO之前，中国对农产品进口所实施的高关税普遍要高于世界贸易组织中发展中国家成员国的关税，例如硬粒小麦、稻米、大豆等，1999年的普通关税为180%，即使是优惠关税也高达114%，另外还要加上17%的进口增值税。所实施的非关税措施种类繁多，主要有进口许可证、进口配额、动植物检疫、食品卫生检疫等等，在1999年35类实行进口许可证限制的产品中，农产品就占了8类，具体为粮食、植物油、酒、棉花、烟草、食糖、羊毛和天然橡胶。而且在这些产品中，除酒之外的所有商品，都由外经贸部指定国营外贸公司专营，占了1999年国营外贸公司专营的13种商品中的一半多。虽然从1998年1月1日起，中国开始赋予私营外贸公司进出口经营权，但由于门槛过高（要求申请公司注册资金和净资产在850万元人民币以上，而且连续两年销售收入和出口供货额分别在5000万元人民币和100万美元以上），私营外贸公司很难进入。
尽管中国在农产品的对外贸易上设置了诸多关税和非关税壁垒来限制国外农产品的进口，但在对农业的国内支持上，却长期实行负保护。20世纪80年代政府通过定价政策、农业税、工农业产品“剪刀差”、农村储蓄、利息倒挂等措施，平均每年从农业部门净转移出财政性资金约1400多亿元；20世纪90年代以来，尽管政府增加了对农业的投入，并在一定程度上提高了农产品的收购价，但由于农产品购销体制改革进展缓慢，政府农产品收购价和市场价的差距依然较大，同时，农业生产资料价格上涨幅度较大，一定程度上抵消了政府对农产品提价的积极作用。这种对农业的负保护政策，使投资过度向工业倾斜，农业部门投资严重不足，农田水利等基础配套设施不完善，农业抗灾能力小，农业基础地位脆弱；工农业产品价格的“剪刀差”和各种不合理负担，使农民收入降低，农业投入能力削弱；最终影响了农民生活水平和农业生产能力水平的提高，从而加剧了中国农业的弱质程度。
“绿箱”政策是《农业协定》规定免于减让的农业国内支持。它包括政府的一般服务。为粮食安全目的的公共储备、国内粮食援助、对生产者的直接支付、政府不挂钩的收入支持、收入保险和收入安全网计划中政府的资金参与、政府自然灾害救济支付、通过资源停用计划提供的结构调整援助、通过投资援助提供的结构调整支持、环境计划下的支付、区域援助计划下的支付等12项内容。这些政策均是基于农业的弱质性和其他非贸易因素而制定的，对国际贸易不会产生扭曲作用，将是加入WTO后中国农业保护的主要方向。经过建国以来50多年的农业发展，尤其是20世纪90年代政府加大对农业的投资力度，中国的“绿箱”政策已经形成了一定的规模，主要涉及政府一般服务、粮食安全储备补贴、国内粮食援助、自然灾害救济、扶贫、农业生态环境建设支持等6个方面，而对农民的直接收入支持、结构调整的补贴等“绿箱”政策的其他6个方面的内容，尚未列入当前的财政支持范围内。总的来说，当前中国农业“绿箱”政策支持具有以下四个特点。
第一、“绿箱”政策总支持水平呈增长趋势，但总量仍相对较小。1996年、1997年、1998年，中国的“绿箱”政策总支持水平分别为1121.78亿元、1312.54亿元、2108.15亿元人民币，其中1997年和1998年的增幅分别为17%和60.6%。1996-1998年三年的平均支持水平为1514.16亿人民币，按当前汇率计算相当于183亿美元。比较而言，1997年美国、欧盟、日本的“绿箱”政策补贴分别为512亿美元、209亿美元和204亿美元，而且这些发达国家以前的农业“绿箱”支持一直都非常高，其农业的基础设施建设已经非常完善，因此，相对于中国这样一个基础设施薄弱、生产方式落后、科技水平低下的农业大国来说，目前的“绿箱”政策支持总量是非常小的。
第二、“绿箱”政策中政府一般服务所占较大比重。1996-1998年中国的政府一般服务支持水平平均为785.6亿元人民币（95亿美元），约占总“绿箱”政策的52%。在政府一般服务所涉及的7项内容中，除市场营销服务未列入财政预算项目外，其他各项均有不同程度的支持。其中，农业基础设施服务比重量大，1996-1998年平均485.9亿元人民币（59亿美元），占“绿箱”支持水平的32.1%；农业技术推广和咨询服务支持其次，为62.5亿元人民币（76亿美元），占“绿箱”支持水平的4%；农业培训服务最低，平均仅有2.1亿元人民币，只占“绿箱”总支持水平的0.1%；农业科研支持为40.58亿元人民币（4.9亿美元），占2.7%，病虫害控制支持为21.32亿元人民币，占1.4%，检验服务支持为13.18亿元人民币，占0.9%。
第三、“绿箱”政策中粮食安全储备支出较大。1996-1998年平均支持水平为383.78亿元人民币（46.4亿美元），占“绿箱”支持水平的25.3%，仅次于政府一般服务。远远高于设立粮食安全储备支持的日本（5亿美元）、巴西（3亿美元）和韩国（4970万美元）。
第四、对农业环境和生态农业建设的支持逐步增加。由于前期对农业环境保护力度不够，造成了当前水土流失、自然资源破坏严重，近几年中国政府开始加大了对农业环境的治理。1996-1998年三年平均支持水平为53.45亿元（6.5亿美元），占“绿箱”支持水平的3.5%。在各WTO成员国中，仅低于欧盟（37.4亿美元）和日本（10.2亿美元）的支持水平。
三、WTO规则下中国农业的保护空间
加入WTO后，中国失去了大部分农产品的非关税保护手段，国内市场仅剩关税这一单一的保护措施。关税作为保护中国农业的首要手段，由于所设置的税率普遍比较低，其对农业的保护空间是非常有限的。一些中国本身就有竞争力的农产品，如蔬菜、水果、水产品等等，在关税保护下将可能在国内市场中更具有价格优势，而另外一些本身不具竞争力的农产品，如牛肉、奶制品等，经削减后的关税将不能起到有效的保护作用。
在非关税措施关税化的过程中，《农业协定》规定，在不能将原有的非关税措施合理转化为关税的情况下，发展中国家可以采用上限约束的办法自主提出约束关税。中国涉及此种情形的农产品主要是大宗农产品，包括大米、小麦、玉米等，通过与各缔约国的谈判，最后确定了中国保护这些农产品的上限约束关税，加入之日约束税率为74%，到2004年的最终约束税率为65%。尽管与其他国家相比，这一上限约束关税率还是比较低的，但它对中国此类农产品的生产和贸易的保护将起到重要的作用。按照议定书，中国将在实施期内对小麦、稻米、玉米、食糖、大豆油、菜子油、棕榈油、棉花、羊毛等农产品实行关税配额管理。
根据WTO规定的基期1986-1988年计算，中国对农产品生产的国内支持措施水平为负值，且目前的支持水平又低于以1996-1998年为基期的产值的2%。负的国内支持总量，固然决定了中国不需要承担国内支持的减让义务，但同时也决定了中国今后对农业的支持水平不能超过1986-1988年平均农业生产总值10%这一微量允许水平。最后经过谈判，中国在议定书中承诺将“微量允许标准”定为8.5%，即特定产品和非特定产品都只享有基期农产品总产值8.5%的免于削减空间。这就意味着中国农业的支持水平仅有412亿元人民币，约50亿美元。这不仅远低于发达国家削减后的水平，也是发展中国家中较低水平。另外，在议定书中，中国还承诺把《农业协定》第6条第2款给予发展中国家的投资补贴和投入品补贴减免的“黄箱”政策计算到“微量允许标准”中，即将该项补贴计入8.5%的约束水平。
尽管50多亿美元的国内“黄箱”政策支持对中国这个农业大国来说是非常少的，但中国在WTO规则下可以利用的国内支持空间却还是很大的。目前，在中国的整个国内支持政策的构成中，“绿箱”政策占了2/3，但绝对数字比较小。按照《农业协定》的规定，对农业技术、基础设施投资等所谓的“绿箱”政策是允许的，不必计算在需要削减的综合支持总量中。自《农业协定》生效以来，各成员国都纷纷调整其国内农业支持政策，在削减造成贸易扭曲的“黄箱”政策的同时，增加“绿箱”支持幅度，从而加大了政府对农业的支持力度。从各国的“绿箱”支持水平看，目前美国、欧盟的“绿箱”支持分别为463、238亿美元（均占其农业支持水平的76%），日本为327亿美元（占其农业支持水平的47%）。相比之下，中国的“绿箱”政策支持总量较小，1996-1998年平均为1514.2亿元人民币（约182亿美元），按1996-1998年的数据测算，WTO农业协议“绿箱”政策的12项措施中，中国还有6项属于空白。除“政策一般服务”支持项目外，中国对农业主要的保护手段仍然是价格干预，还未建立既符合国际规则，又能有效支持农业发展的农业生产者收入支持体系、农业结构调整支持措施以及农业信息服务、市场营销服务等支持体系。
“黄箱”政策方面，当前中国的“黄箱”政策在基期农业总产值中仅占3.3%，这与8.5%的微量允许标准量相比还有比较大的利用空间。8.5%可以说是中国“黄箱”政策的上限，如果低于这个“上限”，那么就可免除削减，并可以提高到这一水平，以充分利用WTO规则允许的农业保护空间。另外，对某些国内生产已经过剩的农产品，可以通过实施限产计划下的“蓝箱”政策予以保护。《农业协定》规定在限产计划下的农产品，如果根据固定面积或产量或牲畜的固定头数给予补贴，且给予的补贴按基期生产水平的85%或85%以下提供，那么该类补贴可以免除。
出口补贴是增加农产品出口竞争能力的重要手段，《农业协定》虽然要求对其进行约束和削减，但由于大部分成员有巨大的基数，即使削减后仍可继续实施补贴。中国在1986-1990年有出口补贴
