注册会计师对上市公司财务报表出具的审计报告有四大类，即无保留意见的审计报告、保留意见的审计报告、否定意见的审计报告和拒绝表示意见的审计报告。注册会计师根据独立审计准则进行了审计，出具了恰当的审计报告，但在审计报告"不干净"时(我们可以把标准无保留意见的审计报告以外的审计报告通称为"不干净"的审计报告)，财务报告的使用者往往认为审计报告是有问题甚至是错误的。如因审计范围受到严重限制而出具的拒绝表示意见的审计报告，社会公众往往这样认为：审计范围受到严重限制，为什么会受到限制?企业管理层都能对审计的项目进行控制，而注册会计师在获取足够的证据时遭遇到了困难，肯定是企业高管有意隐瞒某些事实，或者故意设置某些障碍阻扰注册会计师获取足够的审计证据，既然企业高管存在问题，就应出具否定意见的审计报告。更有意思的是，在"不干净"的审计报告遭遇到公司的经营失败或重大违法行为时，注册会计师即便出具了恰当的审计报告，社会各界仍认为注册会计师未勤勉尽职，因注册会计师的"审计失败"而导致他们利益受损，应追究注册会计师的有关责任。
2.内部控制制度基础审计下的管理层舞弊的困境
我们国家现阶段审计职业界实行的是制度基础审计，是一种以审查企业内部控制制度着手的审计方法。根据独立审计准则，内部控制制度的建立、健全与执行有效性，是被审计单位的会计责任，企业管理当局有责任建立良好的内部控制制度。制度基础审计的重点是对制度的各个控制环节审查，目的在于发现控制制度中的薄弱环节并找出问题发生的根源，然后针对这些环节扩大检查范围。企业管理当局是内部控制制度的设计者和执行者，那么在管理当局有意制造某些内控制度的假象时，良好的内部控制假象将让注册会计师收集较少的审计证据，注册会计师往往很难发现管理舞弊。根据独立审计准则，注册会计师有责任发现和披露被审计单位的管理当局的重大舞弊，若没有发现和披露管理当局的重大舞弊，是注册会计师的过错，应承担过失责任。另外，在实际的工作中，对在审计中发现的管理舞弊，注册会计师往往不是选择披露，而是提醒企业有关管理高层改正，而且，审计工作中实际发现的重大管理舞弊与实际发生的重大管理舞弊之间存在很大差距。这样，在公司管理当局，特别是公司最高管理当局与公司各利益群体串通舞弊时，注册会计师往往是力不从心。
3.公司治理结构中角色重合的困境
所有权与经营权的分离是现代公司治理制度的一大特征，公司的最高权利机关是股东大会，在股东大会的基础上选举产生董事会，董事会对股东大会负责，代表股东的利益，董事会聘请企业高层管理人员对企业实施具体的经营管理。企业的所有权属于股东，企业的经营权则授权给企业管理当局。股东是委托人，公司管理当局是代理人，股东委托公司管理当局对公司进行经营管理。在审计业务的委托代理关系中，股东委托审计机构鉴证公司管理当局经营业绩，即股东是"委托人"，审计机构是"代理人"。管理当局与审计机构是独立的，不存在任何的契约、利益关系，由"代理人"监督代理人的过程是可以保证其公正性的。我国现阶段的现象是很多公司的高管本身就是董事会的重要成员，公司高管既对公司实施具体的经营管理，又名义上代表股东，在董事会中主宰着公司的重大决策，这样使得公司高层为谋取自己的利益而损害广大的投资者利益提供了广阔的空间，内部人控制现象十分严重。董事会成员，企业高管部分成员二合一，使受托进行审计的审计构处于十分尴尬的位置，即“委托人”(董事会)委托审计机构对"委托人"(是董事会重要成员的高层管理人员)的会计责任予以认定或解除。审计机构在审计过程中很可能迫于"委托人"的压力而作出妥协，出具欠适当的审计报告，造成了审计失败。
4.抽样审计下的5%困境
最初的审计是以详细审计开始的，随着社会的发展和审计目标的改变，科学的抽样审计方法得到了广泛应用。抽样是统计学中的重要概念，与统计学界的一个重要魔数——5%有着干丝万缕的联系。根据双尾假设测试(TWOTAILED HYPOTHESIS ——TEST)的统计所得出的结果，总体中有95%的值落在偏离中值为正负1.96标准差之间。许多的注册会计师把可容忍的审计风险确认为5%，这是否意味着注册会计师愿意接受签发的100份审计报告中有5份以内的错误报告?假如某具有证券业资格的会计师事务所有20家证券业客户，他们的可容忍审计风险是5%，那么，从总体上来说，该所每年出具的20份审计报告中有1份可能是错误的审计报告，就造成了审计失败。在我国现阶段，一次审计失败可能对一个会计师事务所造成毁灭性的打击。如在"琼民源事件"中为"琼民源"出具审计报告的是中华会计师事务所，在1998年5月1日证监查字[1998]36号中对中华会计师事务所的处罚也不算十分严重，"暂停证券业务资格6个月"，而且刚好是1998年5月1日开始至1998年11月1日结束，并未错过年报预审。但在1998年度，中华所13家客户当中有10家客户更换到其他会计师事务所，最后，仅有3家仍然由中华会计师事务所签发1998年的审计报告。
5.独立性的追求与天生的非独立性
独立性也许是独立审计准则中出现的最多字眼之一。独立是注册会计师的灵魂，注册会计师唯有保持独立性，才有可能更加客观、公正，出具实际意义上的审计报告。但我国的注册会计师行业天生以来就是非独立的。二十世纪80年代，中国恢复注册会计师制度，大部分会计师事务所由政府部门创办，并接受政府部门的管理。1988年中国注册会计师协会成立后试图将会计师事务所纳入自我管理轨道。但要从根本上改变中国会计师事务所与政府挂钩的现状，并不是一朝一夕的事。在实践中，各挂靠单位如财政部门、税务部门、行业主管部门等通常会利用手中的权力指定企业到所属的会计师事务所接受审计，与此同时，注册会计师在作出审计判断、出具审计报告时，会受到主管部门的意愿所左右，审计的独立性受到严重破坏。根据中注协1997年底所作的调查，54.7%的回复者反映了他们在审计实务中受到了政府干预，其形式包括指定审计单位或对审计报告的出具进行直接干预等(全中和，"注册会计师行业相关问题问卷调查分析报告"，《注册会计师通讯》1998年第一期)。影响中国注册会计师独立发展的另外一个重要方面是中国注册会计师协会的地位问题。中国注册会计师协会作为全国注册会计师的自律性组织，它的地位、权威和独立性直接影响注册会计师执业的独立性。然而目前中注协理事会的大部分成员(包括会长和副会长)都来自政府部门，而非审计职业界，中注协也一直接受着财政部的领导和管理，中国政府官员认为注册会计师作为"经济警察"，仅是政府管制力的补充和延伸而己。因此，从严格意义上讲，中注协还仅是一个半官方的组织，而非民间自律性组织，这使得中注协在许多情况下要作出独立决策殊非易事，从而大大影响了整个注册会计师职业界独立性的发挥。(汤云为，2000，关于中国注册会计师职业发展若干问题的探讨。)
