现代市场经济是有政府干预的市场经济，政府承担着宏观管理的职能，同时政府又以其直接和间接掌握的社会经济资源同企业、消费者一起参与市场经济活动。因此当代市场经济学中的市场经济模式，是包括政府、企业和消费者三个主体的模型。
企业组织对市场组织的替代是企业纵向一体化的结果。这种由处于相关生产阶段或相关产业的专业化的企业之间合并所形成的纵向一体化，降低了市场成本，节约了交易费用，是对市场交易的部分替代，即用企业内部的行政组织机制替代了市场自发的组织机制，尽管这～替代是有一定的边界而不是无限的，但这一替代本身对社会资源配置效率提高是有益的。如果从经济运行的组织机制上看，市场机制、企业与政府组织机制在一定程度上都是组织机制。只不过市场机制是一种自动组织机制，而作为企业与政府组织机制是一种他动组织机制。在整个经济运行过程中，无论是市场组织机制还是政府组织机制，都对经济运行发生影响，只是影响程度不同。在现代企业制度下，政府的行政权力无论在范围和形式方式上都应有所变化。
在西方国家，市场经济体制的形成经过了数百年的磨合而逐步发育、发展并成熟起来，而且是先有市场机制协调而后有政府组织协调。这一方面表现为国家对经济发展的宏观调控，另一方面政府又以市场竞争的主要因素之一进入经济生活，成为市场经济发展的内在变量。但是西方国家政府的介入从没有直接干预企业，也没有对企业实行直接的替代。政府与企业的关系是相当明确的，因而经济运行也是十分有效率的。我国中观决策是政府宏观决策的延伸，决策主体都是政府，只是层级不同而已。而在成熟的市场经济体制中，中观决策是企业化的，决策主体和微观单位属于一个系统，均是由非政府组织来高效率进行的。由此看来在我国传统计划经济体制中，中观决策政府化是我国各种经济体制的弊端所在，是政企不分、政资不分的根源之一。
在市场经济中，政府的职能应该是社会经济的管理者，但是传统体制下存在政府履行社会管理职能与商务困扰的矛盾。由于政府作为公有企业投资的主体，使其成为社会中一部分企业的所有者和管理者，从而使政府失去了对其他类型企业提供服务的公允性，同时也削弱了政府履行社会经济管理职能的能力。地方政府的大量时间和精力被迫用于日常的商务应酬，甚至为企业跑项目。找贷款、搞产品推销、无暇顾及社会经济的管理，致使交通、能源建设严重滞后，城乡建设和城市管理不尽如人意，文教、卫生发展跟不上形势，社会治安紊乱，环境质量下降，政府职能严重错位。
2000年，国务院在《国有大中型企业建立现代企业制度和加强管理的基本规范（试行）》文件中提出了一个方向性的改制思路：今后政府与企业将由行政隶属关系改为产权关系，取消企业行政级别，国有资产实行授权经营。这个变化是多年探索国有资产法人治理结构的一次方向性突破。发展是“十五”的主导思想，因此，取消企业行政级别不仅预示着国有资产结构将面临大刀阔斧的调整，对杜绝干部腐败，遏制数字账目游戏，改革经营者制度，放开工资、保险、就业市场化程度和降低财政信贷风险等都将起到根本性转变作用，也是转换产权关系的重要前提。从更积极的意义上说，改革产权关系就是改革政资不分行为。所以，应从根本上用法律程序规范政府最近提出的三个定位问题，把国有资产按三大类经营方式划分清楚。属于政府垄断的资源，政府不能“缺位”，委托给国有大型企业集团代理的国有资产，政府不能“越位”，划拨给地方进行改制的国有资产，政府不能“错位”。政府要做到对企业集团既不能撒手不管，又不能管得过死，关键是要找准着力点，同时要掌握好“度”的问题。中国正处于体制转型时期亦即市场化进程的初期，企业集团化还离不开政府推动。其一，只有政府的介入，推动企业集团化，才能弥补和纠正市场发达国家同样面临的单纯市场机制存在的内在缺陷问题，即无法避免的“市场失灵”问题。其二，只有政府的推动，才能实现政府培育市场、推进市场化改革，以克服我国市场力量薄弱、不能实现资源充分有效配置问题，从而可以节省时间，节约交易费用。如果按照市场竞争推动的企业集团化的自然演进，需要很长一个过程，这既不能满足中国经济发展战略目标的要求，也未能满足参与经济一体化的国际竞争的新外部环境的要求。其三，只有政府具有权威和地位，从找国国民经济整体利益出发，打破条块分割与地方割据，协调利益关系，提供资金技术人才支撑等，以解决“小而散”，追求规模效益，避免过度竞争。其四，从国际经验来看，对于企业集团在市场竞争中形成与发展，无论是发展中国家，还是发达国家，政府扶持都起着催化作用。由此时见，目前的中国更需要政府在管理企业集团过程中以社会经济管理的角色发挥其不可或缺的职能。
