1.政府机构运转难。农村税费改革后，乡镇的主要收入来源于县级部门按财政体制计算拨付出的资金，除此之外就是一些有专项用途的生产服务性收费。而县乡财政大多是“吃饭财政”，这就从客观上形成了乡镇财政只能发工资而无财力维持公用经费支出，为了保证公用经费支出，不少地方就只能拖欠乡镇干部的工资。由于经费不足，一些乡镇已无力保障办公用品、电话费、水电费、职工差旅费等公用经费的正常支出，只得到处欠账，政府形象也因此受到严重影响。
2.农村生产、生活公益性建设资金保证难。农村税费改革后，由于乡村可用经费来源渠道单一，支出缺口较大，基层组织正常运转的经费尚难以保证，公益性事业更无力安排。而“一事一议”的方式组织和落实难度较大，缺乏可操作性。取消了“劳动积累工和义务工”后，造成中小学维修、兴修水利、公路建设、植树造林等事业所需要的劳务和资金难以落实，乡村卫生服务机构设施条件差，提供的卫生服务质量不高，影响了公益事业的发展。农村税费改革政策中将原村提留改为农业税附加收入，理应按原有渠道应用于村农田水利、植树造林、兴办集体福利事业、村干部报酬和管理费开支等，但在财政困难的乡，有的直接用来弥补财政资金缺口。
3.乡镇债务化解难。乡村债务不是农村税费改革带来的，而是在此之前就形成的历史性债务。乡镇负债主要用于弥补行政经费不足、普九等义务教育中基础设施的投入、对乡镇企业的投入和一些公益事业的建设。而弥补经费和建房几乎没有回报率，乡镇企业大多数都不景气，有的已破产倒闭，导致原有债务难以回收，目前乡镇财政多是“吃饭财政”，连维持现行运转都有缺口，更无力偿还债务。
产生困难的原因
（一）农村经济发展严重滞后
农村大多数地方经济结构单一，近年来结构调整步伐缓慢，由于农业生产比较效益和边际效益率很低，因此税收贡献率较低。从产业内部结构来看，种植业仍然占有一定的优势，乡镇企业发展不充分，现有企业困难重重，负担较多，抗御市场，风险的能力弱，对财政的贡献处于起伏不定的状态。地理位置和人才资源的劣势不利于招商引资，乡镇往往面临广大农村，交通不便，信息不灵，商品经济落后，经济运行的质量较差。
（二）行政管理体制上的原因
1.乡镇政府职能的错位。中国现行的行政管理体制是从高度集中的计划经济基础之上演变而来，政府的职能及其运作方式具有较强的指令性特征，形成了从上到下完整的指挥系统，政府直接介入经济运行，政企不分，甚至把经济组织也行政化，形成错位、越位，地方政府主导地方经济，一定程度上阻碍了农民自主地按照市场规律来对产业结构进行调整。另一方面，县级部门直接延伸到乡级的机构多，条块分割，关系难以协调，政府行政效率低下，该管的事没能管起来。在农村公共物品的供给上，因组织行政化，过分强调对上代理化的势头，对需求的动态适应性不强。
2.机构臃肿，财政供养人员过多。建国50年来乡镇机构设置变动频繁，但历次变动的一个共同特点是该减的人没有减下来，新设的机构又在增人，造成机构臃肿，冗员膨胀，人浮于事。因乡镇行政机构改革滞后，大部分乡镇财政入不敷出。因人多且都要吃饭，财政收入部分（包括农业税和统筹提留费）全部用于人员工资和办公费都不够。
3.财政职能弱化。一是乡镇收入范围被肢解，监管职能不到位。乡镇财政在实际运行的过程中，基本上只是保证基本的工资和基本的经费发放，成为政府的出纳和财政分配的一个“中转站”。二是税收征管体制不顺。目前，国税、地税部门的人、财、物全部由县上直管，一般是一个乡镇分局（所）负责几个乡镇（同一经济区域）的税收征管。作为一级基层政权，乡镇只能管财政用钱，却管不了税务收钱，收支管理形成了“两张皮”，税收征管部门向乡镇政府讨价还价、要求增加“手续费”，一些乡镇政府为了保证税收任务的完成，不得不违心答应征管部门提出的各种条件，甚至用财政收入“买税”或贷款交税。同时也加大了乡镇政府组织收入的难度。一方面，税务部门实行“一条线”管理，乡镇人代会确定的预算收入目标往往与业务部门下达的指标不一致；另一方面，对税收任务完成的好坏，乡镇无法制约。三是乡镇财政预算流于形式，缺乏约束力，支出随意性大。部分乡镇财会人员素质偏低，缺乏依法理财的意识，收支预算多由县财政代编，实际执行中根本没有预算的概念，只管账上是否有钱，也不问钱的来源和本来用途，哪里急需就往哪填。
4.干部考核制度上的弊端。许多县乡财政体制是一年一定或三年一定，缺乏长期性和稳定性，乡镇都是三年一届，乡镇领导更换频繁，一定程度上造成乡镇领导的短期行为，部分干部急于出政绩，上项目、搞建设，使乡镇财政的负担不断加重。长期以来，地方各级政府为了保稳定、保吃饭的需要，自上而下分配财政收入任务，定指标，确定增长率，甚至将财政收入完成与否作为考核干部的硬性指标，实行完不成任务就“一票否决”。这虽有利于组织财政收入，但如果与实际差距较大，就会导致负面影响，出现买税、垫税、包税、平摊税等现象。
