(一)证券交易的先成交、后交割方式可能出现的风险。
姑不论期货交易，就以现货交易来说，购买人委托证券商(证交所会员单位)申购某种证券，凡能与证交所出售证券方的券别、价位和数量配对的，当可即时成交，这时双方就确立交易的责任，不论之后价位升降，都得按成交价办理交割。尽管是现货交易，但也不是当即钱券两清，这里还有一个交割期。按我国现行规定，交割手续一般在当日交易终了后，由沪、深证券交易所中央登记结算公司办理。以证券商(会员单位)为结算单位，将其当日成交的各类买入、卖出的券种、数量，与相应结计的应收、应付轧差净额配对落实。次日交易开始前，将证券与款项转入有关证券商，至此交割手续即告完成，实现了券款两清。但实践中也往往出现有的交割资金不足的现象。
一种是购买人申购证券的金额，超过其交给证券商的代购证券款，这样便形成了透支。由于登记结算公司以证券商(会员单位)为结算对象，这部分透支，实际上由有关证券商来垫付，如有风险就得由证券商来承担。近几年来。很多证券商通过电脑设置相应程序，在办理申购时，受交存代购金额的控制，避免造成透支，这是一项改进。但仍有一些证券商采取手工控制，有时发生错漏失误，个别的甚至为了拉大户，允许购买人透支交易，这里就存在隐患。
另一种是证券商当日购买的金额过大或失控，其收支轧差的应付款，超过其在登记结算公司的交存金额，造成证券商透支。虽然证交所规定证券商缴存一定的清算交割准备金，但如果应付资金缺口较大，准备金仍不足以抵付时，势将由登记结算公司被迫垫补。由于证券商购入金额在成交时没有控制，交割时资金不足就要登记公司兜着，这种风险绝不能忽视。
(二)证券商挪用客户交存的委购证券款存在的隐患。
购券人委托证券商购买证券，都须在事前向证券商交存相应的款项，以便伺机购入。由于这部分资金带有周转性质，每一客户并不全部用罄，因此反映在证券商账上，总有一定数额的结余资金，而且经常保持相当的余额。证券商在办理自营业务时除了运用自有资金外，往往把这部分资金也用来自营。由于客户资金随时要用于购券，这里只能根据平时沉淀资金的规律，挪用一部分。这种现象据说比较普遍，在市场运行正常情况下，似乎矛盾不明显，但在下列几种情况下，就会使金融市场带来风险和动荡。
1．当股市动荡较大，客户都要购券或提款时，证券商可能会捉襟见肘，应付困难；
2．如挪用比例较高，甚至把客户资金用来作非证券投资，或投向房地产开发以及短期难以抽回的投资渠道；
3．经营亏损，不仅自有资金被占用，使相当客户资金被用来填补。
