可以为 Windows 2000 Server 计算机的磁盘分区选择下列之一的文件系统： FAT 、FAT32 和NTFS。NTFS 是推荐的文件系统。FAT 和 FAT32 彼此相似，但与 FAT 相比，FAT32 可用在容量较大的磁盘上。
NTFS
NTFS 与 FAT 和 FAT32 相比，它是最强大的文件系统。Windows 2000 Server 包括新版本的 NTFS，它支持各种新功能：
§ Active Directory，可用来方便地查看和控制网络资源。
§ 域，它是 Active Directory 的一部分，在简化管理的同时，依然可以使用域来调整安全选项。域控制器需要 NTFS 文件系统。
§ 文件加密，它极大地增强了安全性。
§ 可以对单个文件设置权限，而不仅仅是对文件夹进行设置。
§ 稀疏文件，这些是由应用程序创建的非常大的文件，以这种方式创建的文件只受磁盘空间的限制。也就是，NTFS 只为写入的文件部分分配磁盘空间。
§ 远程存储，通过使可移动媒体（如磁带）更易访问，从而扩展了硬盘空间。
§ 磁盘活动恢复记录，可帮助用户在断电或发生其他系统问题时，尽快地还原信息。
§ 磁盘配额，可用来监视和控制单个用户使用的磁盘空间量。
§ 可更好地支持大驱动器，NTFS 支持的最大驱动容量比 FAT 支持的容量大得多，但随着驱动器容量得增大，NTFS 的性能并不随之降低，而 FAT 的性能却急速下降。
安装程序可以方便地将分区转换为新版的 NTFS，即使该分区以前使用的是 FAT 或 FAT32 文件系统，这种转换可保持文件的完整性。如果不想保留文件，且有一个 FAT 或 FAT32 分区，建议使用 NTFS 格式化该分区，而不是转换 FAT 或 FAT32 文件系统。格式化分区会删除该分区上所有的数据，但使用 NTFS 格式化的分区与从 FAT 或 FAT32 转换来的分区相比，磁盘碎片较少，且性能更快。
FAT 和 FAT32
有一种情况可能需要将 FAT 或 FAT32 选为用户的文件系统。如果需要让计算机有时运行早期的操作系统，有时运行 Windows 2000，则需要将 FAT 或 FAT32 分区作为硬盘上的主（或启动）分区。这是因为早期的操作系统（只有一个例外），都无法访问使用最新版 NTFS 格式化的分区。例外是带有 Service Pack 4 或更高版本的 Windows NT 4.0，它可以访问使用最新版 NTFS 格式化的分区，但也有一些限制。
硬盘分区的规划
只有在执行全新安装，而不是执行升级时，需要在运行安装程序之前，规划磁盘分区。磁盘分区是一种划分物理磁盘的方式，以便每个部分都能够作为一个单独的单元使用。当在磁盘上创建分区时，可以将磁盘划分为一个或多个区域，以便将这些区域用诸如 FAT 或 NTFS 这样的文件系统格式化。主分区（或称为系统分区）是安装加载操作系统（如 Windows 2000）时所需文件的分区。主分区用特殊的文件系统格式化，分配的驱动器号为 C：。
§ 如果计划在硬盘上删除或创建分区，请确保已备份了该磁盘的内容，因为这些操作将会破坏现有的数据。
§ 在运行安装程序执行全新安装之前，需要决定安装 Windows 2000 Server 的分区大小。并没有固定的公式计算分区大小，基本规则就是为一同安装在该分区上的操作系统、应用程序及其他文件预留足够的磁盘空间。安装 Windows 2000 Server 的文件需要至少 1 GB 的可用磁盘空间，这在系统需求中已说明。建议要预留比最小需求多得多的磁盘空间。分区的大小为 2-4 GB 就可以，而对于更大的安装，则需要为其保留 10 GB 的磁盘空间。这样就为各种项目预留了空间，它们包括可选组件、用户帐户、Active Directory 信息、日志、未来的Service Pack、操作系统使用的分页文件以及其他项目。
§ 在安装过程中，只需创建和规划要安装 Windows 2000 的分区。在安装完 Windows 2000 之后，可以使用磁盘管理来管理新建和已有的磁盘和卷。这包括利用未分区的空间创建新的分区；删除、重命名和重新格式化现有的分区；添加和卸掉硬盘以及在基本和动态格式之间升级和还原硬盘。
